En ce qui concerne son activité de récupération de matériel géologique et paléontologique des falaises de la côte asturienne, depuis sa mise en marche en 2005, le département scientifique du MUJA a récupéré plus de 500 pièces fossiles. Parmi le matériel paléontologique abondant et varié de vertébrés récupéré au cours des dernières années dans les falaises des environs et qui fait aujourd’hui partie du fonds du Musée, il faut signaler la plus grande empreinte de dinosaure théropode connue en ce moment, avec une longueur de 82 cm, ou les plus petits fossiles marins de dinosaures sauropodes connus, d’environ  12 cm. La collection de fossiles marins de dinosaures inclut approximativement 255 exemplaires et constitue la plus remarquable collection de traces de dinosaures d’Europe, laquelle se trouve au Musée, tant grâce à sa quantité qu’à la variété et à l’excellent état de conservation des exemplaires. D’après le prestigieux paléontologue Martin Lockley de l’Université de Colorado, Denver (Geotimes, janvier 2006), «la collection de fossiles marins du MUJA représente l’une des plus complètes à niveau mondial».

D’un autre côté, la collection de vertébrés du MUJA est la plus complète du Jurassique d’Espagne. Il faut signaler notamment: un squelette partiel de crocodile marin, une partie de la mandibule d’un petit ichtyosaure, un ulna (équivalent à notre cubitus) de brachiosaure de 1,25 m de longueur, un squelette partiel de stégosaure, divers os de plésiosaures, de nombreux restes d’os de tortues marines (y compris plusieurs carapaces) et plusieurs exemplaires incomplets de poissons.

En outre, le MUJA possède une large collection de végétaux fossiles, la plus nombreuse et variée du Jurassique espagnol jusqu’à ce jour.

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